目录搜索引擎是一种特殊的搜索方式，它主要通过人工或半自动方式收集信息。编辑人员会仔细查看网站，提炼关键信息并将其组织在预先设定的分类体系中。这类搜索引擎主要为用户提供网站目录浏览和直接检索服务，尽管它们具有搜索功能，但本质上更像是分类链接列表，而非传统的搜索引擎。用户可以通过目录结构直接找到所需信息，由于包含人工筛选，信息准确性和导航质量较高，但其缺点在于需要大量的人力投入，信息更新速度较慢，收录的网站数量有限。
与自动运行的搜索引擎不同，目录索引完全依赖于人工操作。网站提交后，目录编辑人员会亲自评估，根据预先设定的标准或个人判断决定是否收录。与搜索引擎的宽泛收录标准相比，目录索引对网站的要求更为严格，甚至多次申请也可能被拒绝，如Yahoo这样的大型目录尤其如此。
在使用上，登录搜索引擎无需过多考虑网站分类，而目录索引则要求精确选择合适的目录。搜索引擎的信息来自网站内容的自动抓取，给用户更多自主性，但目录索引则需要手动填写详细信息，且可能面临工作人员的调整，这个过程往往不透明。
目录索引的核心是将网站按类别分类储存，用户可以使用关键词搜索或按照目录层次逐层查找。关键词搜索的结果虽与搜索引擎相似，但人工因素更显著，而目录层次搜索则按标题字母顺序决定网站在目录中的位置，这与搜索引擎的算法有所不同。
