在内容设计完成之后，网站的目标及内容主题等有关问题已经确定。结构设计要做的事情就是将内容划分为清晰合理的层次体系，如栏目的划分及其关系网页的层次及其关系链接的路径设置功能在网页上的分配等。
1．物理结构网站物理结构是指网站目录及其包含文件的真实存储位置所表现出来的结构，一般有两种表现形式，分别是扁平式物理结构和树形物理结构。
对小型网站来说，所有网页都存放在网站根目录下，这种结构就是扁平式物理结构。扁平式物理结构对搜索引擎而言是最为理想的，因为只要一次访问即可遍历所有页面。但是，如果网站页面比较多，根目录下文件太多，查找维护起来就会非常麻烦。所以，扁平式物理结构一般适用于只有少量页面的小型和微型站点。
对规模大一些的网站，往往需要二层三层甚至多层子目录才能保证网页的正常存储，这种多层级目录也称树形物理结构，即根目录下再细分成多个频道或目录，然后在每一个目录下再存储属于这个目录的内容网页。采用树形物理结构的优点是维护容易，缺点搜索引擎的抓取会相对困难。目前互联网上的网站因为内容普遍比较丰富，所以大都采用树形物理结构。
2．逻辑结构与网站的物理结构不同，网站的逻辑结构也称链接结构，主要是指由网页内部链接形成的逻辑结构。逻辑结构和物理结构的区别在于，逻辑结构由网站页面的连接关系决定，而物理结构由网站页面的物理存储位置决定。
在网站的逻辑结构中，通常采用链接深度来描述页面之间的逻辑关系。链接深度是指从源页面到达目标页面所经过路径的数量。例如，某网站的页面A中存在一个指向目标页面B的链接，则从页面A到页面B的链接深度就是1。
和物理结构类似，网站的逻辑结构同样可以分为扁平式和树形两种。在扁平式逻辑结构的网站中，任意两个页面之间都可以相互连接，也就是说，网站中任意一个页面都包含其他所有页面的链接，网页之间的链接深度都是1。目前的网络上，很少有单纯采用扁平式逻辑结构作为整站结构的网站。树形逻辑结构是指用分类频道等页面，对具有同类属性的页面进行链接地址组织的网站结构。在树形逻辑结构网站中，链接深度大都大于1。
（1）确定网站的目录结构
网站的目录是指建立网站时所创建的目录，目录结构则主要是指物理结构和逻辑结构。当网站涉及多个尤其是成千上万个页面时，就需要有一个清晰的网站结构来确保搜索引擎的抓取和用户的访问。网站的目录结构就起到这样的作用，它在SEO中意义非凡。
千万不要把一个网站的所有文件都放在根目录下，这会给网站造成非常大的负担，降低文件上传的速度，维护起来也会非常麻烦。每个子目录都应该有自己的文件从属，如imageextension。
不管是数据库后台还是网站自动生成的页面，都需要遵循这个目录结构，这样做的好处是不会造成网站文件的混乱。
（2） 确定网站的链接结构
了解链接结构之前，我们需要熟悉一个概念——拓扑结构。所谓拓扑结构是指网络中各个站点相互连接的形式，它反映的是一个网站中实体和实体之间的链接形式，而网站中的拓扑就是页面与页面之间的结构关系，如图所示。
层叠样式表，也就是CSS，是一种用于控制网页样式并允许将样式信息与网页内容分离的标记性语言，目前流行的是DIV+CSS布局方式。CSS能够帮助我们实现许多功能，对普通站长来说，CSS显得过于复杂，这里我们只需要了解它的作用就可以了。对CSS感兴趣的读者可以自己学习一下，这对于站点布局是有好处的。
相较于CSS，表格布局相对简单，表格在格式化文本时非常便捷。但是，CSS要更为稳定一些，可是页面中如果出现多表格嵌套的话，会增加页面负担，不仅用户体验不好，而且对搜索引擎也不友好（因为大量的表格框架代码不利于搜索引擎的检索和收录）。
框架其实是一种很好的布局方式，但是它有一个缺点，就是不利于进行SEO推广，搜索引擎也不是很喜欢它。
