搜索引擎优化是网站在线展示的关键和基础部分，因此，它在任何情况下都不应被放弃。尽管如此，搜索引擎优化作为主要的流量来源还是有一些明显的缺点。
1效果缓慢
一个新页面的抓取可能需要3-6个月的时间来抓取，索引到有排名，从个人经验来看，即使是一个经过适当优化的新页面，抓取也需要长达数周时间（当然，利用蜘蛛池，大量外链可以缩短这一过程）。
2取决与搜索引擎
不管搜索引擎优化做得多好，由于搜索引擎进行一些算法的更新，都会给中小站长带来巨大的灾难，很多时候，我们做的已经足够好了，但是搜索引擎还是认为我们做的不够好。
3很难测试
与付费广告不同，SEO效果很难测试。第一个原因是，由于排名的不稳定，很难控制到达页面的流量，第二个原因是，由于季节性流量的变化，这就导致了诸如季节性或偶发事件等未知变量的出现，这两种情况都会导致不理想的SEO测试条件。
4难瞄准目标
在某种程度上与测试的困难相关，获得理想的客户可能是SEO的一个挑战。因为SEO优化的周期很慢，有的时候获取的受众群体并非很准确，就需要调整策略，那就需要更多的时间来瞄准目标。
5无法产生需求
SEO几乎完全无法产生需求，这意味着，如果产品或类别不知名，对于搜索而言，即使最好的搜索引擎优化也不会帮助我们。做SEO优化只是被动的去给搜索引擎产生内容，需求都是先产生的。
最后，搜索引擎优化对于很多方面都是有好处的，它应该是整体营销策略的一个基本元素。然而，它也有它的局限性，在决定营销策略时应该考虑这些局限性。
