网站的每个页面应该遵循一个主题，所以在格式设计上力求保持一致或者大体相仿。突然的一个页面改变会打乱访客的思维，影响他们对网站内容的吸收。这是从可用度方面来观察的。另一方面，不同的格式也会影响搜索引擎优化的努力。搜索引擎优化是一个整体的连续的工作，但是从开始就要围绕网站的主题设计。不稳定的网站结构会增加搜索引擎优化的工作量，也影响对优化结果的评估。
微软的网站www.microsoft.com虽然产品众多，但是每个产品的网站都基本上遵循一个风格，在导航设计上也力求简单明了，不掺杂无关的信息。这种设计与绝大多数的网络使用者贴近，对维护客户对微软的亲和度具有非常重要的作用。
网站的结构可以分为网站的物理结构和逻辑结构，两者之间既有区别又有联系。网站的物理结构是指网站文件的物理存储结构，也就是网站文件在Web服务器上的存储方式。而逻辑结构是指网站在运行时呈现出来的拓扑结构.它建立在网站物理结构之上而又跨越物理结构。
1.网站的物理结构
网站的物理结构体现为网站在服务器上的目录结构。在网站目录结构设计中，最常用的方法是按网站的栏目和层次关系来设计。网站目录结构的好坏，对于站点内容的上传与维护内容的扩充与移植等有着十分重要的影响。
对网站物理结构的要求如下:
(1)应该建立根目录下的相关子目录。
(2)目录层次不要太深，一般不超过3层。
(3)不宜用中文目录，避免编码出错。
2.网站的逻辑结构
网站的逻辑结构是指网页之间相互链接的拓扑结构。它是建立在网站的目录结构之上的，但可以跨越目录结构。网站中各个页面之间的相互关系，各级主页面及下属页面之间的从属关系和链接关系，可以通过逻辑链接重新进行定义。这些所谓的逻辑链接结构，把原本独立的页面串联起来构成了一个网，从而形成一个网站逻辑整体。网站的逻辑结构一般有两种形式:树型链接结构和星型链接结构。首页和一级页面采用星型链接，一级与二级页面采用树型链接
总结：网站结构应该是扁平化的，一般都是3-4层就足够，同时目录和目录之间相关性要很强。
